抗击新冠病毒:NVIDIA免费开放GPU基因组测序软件

为应对新冠病毒疫情,NVIDIA宣布,将向全球所有COVID-19新型冠状病毒研究人员免费提供90天的Parabricks软件使用权。

NVIDIA Parabricks软件基于著名的Genome Analysis Toolkit工具包,可通过GPU加速计算,将序列数据分析的速度提高50倍。

目前,各地科研人员正在对新状病毒和COVID-19感染者的基因组进行测序,以了解疾病的传播方式并确定易感染人群,但分析基因组序列需要耗费大量的时间和计算力。

Parabricks团队去年12月刚刚加入NVIDIA,他们的软件可以在一台服务器上快速分析一个人的全部基因组变异,并且将分析时间从传统的几天,缩短至一个小时以内。

鉴于此次疫情史无前例的传播速度,如此巨大的提速无疑将对了解病毒进化、疫苗开发带来巨大的推动作用。

NVIDIA也在联系云服务供应商和超级计算中心,争取提供更多的计算资源和Parabricks访问途径。

不过,只有使用NVIDIA GPU,才能申请并获得Parabricks软件的使用权。

另外,使用Oxford Nanopore
long-read
数据的研究人员,可以GitHub上找到GPU加速工具存储库,以下应用也已内置NVIDIA GPU加速功能:MedakaRaconRaven
Reticulatus
Unicycler

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